Des bactéries dans le métro New-Yorkais

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Je vous partage un article qui fait froid dans le dos et que je vous ai traduit (et commenté) :

À bord d’un train local n ° 6 à Manhattan, le chercheur Christopher Mason du « Weill Cornell  Médical College »  frotte patiemment un tampon en nylon le long d’une main courante métallique, une collecte d’ADN dans un effort pour identifier les bactéries dans le métro de New York. Une tâche colos..sale.

UN POT-POURRI, TRÈS POURRI :

En 18 mois de récurage sur l’ensemble du système, il a trouvé germes qui peuvent causer la peste bubonique  dans le quartier « uptown », la méningite dans le « Midtown », des maux d’estomac sur «Wall Street » et résistants aux antibiotiques semant des infections à travers tous les arrondissements.

Lui et son équipe ont heureusement également trouvé des bactéries qui gardent la ville vivable, celles qui épongent les produits chimiques dangereux ou la digestion des déchets toxiques. Ils pourraient même suivre les traces de bactéries créées par les goût des habitants de la ville pour les microbes de pizza identifiés associés aux fromages et de saucisses à des dizaines de stations de métro.

Le projet de grand-données, le premier profil génétique d’un système de transport métropolitain, est à bien des égards « un miroir des gens eux-mêmes qui montent le métro, » a déclaré le Dr Mason.

Ce est aussi un aperçu révélateur sur l’avenir de la santé publique.

Partout dans le pays, les chercheurs combinent microbiologie, la génomique et la génétique des populations à grande échelle pour identifier les micro-organismes dans les bâtiments et les espaces confinés de villes entières.

En documentant la faune miniature, les microbiologistes espèrent découvrir de nouvelles façons de suivre les flambées de maladies, y compris les maladies contagieuses comme la rougeole ou le virus Ebola, détecter les attaques de bioterrorisme et luttent contre la résistance aux antibiotiques croissante des microbes, qui provoque environ 1,7 millions d’infections à l’hôpital chaque année.

« Nous ne savons presque rien sur l’écologie des milieux urbains», a déclaré le biologiste évolutionniste Jonathan Eisen à l’Université de Californie à Davis. « Comment allons-nous savoir se il y a quelque chose d’anormal si nous ne savons pas ce qui est normal? »

L’HUMAIN : PLANÈTE BIOLOGIQUE QUI ABRITE DES MILLIARDS DE FORMES DE VIES …

Le Dr Mason et son équipe de recherche se sont mis en chasse, traquant partout l’ADN depuis les tourniquets, les kiosques de billets, en passant par les rampes et les bancs de ce système de transport en commun partagé par 5,5 millions de passagers chaque jour: Le métro. Ils ont séquencé le matériel génétique qu’ils ont trouvé dans 466 stations et ont découvert plus de 10 milliards de fragments du métro de code biochimique et triés via un supercalculateur. Ils ont comparé les résultats aux bases de données génétiques des bactéries connues, les virus et autres formes de vie pour identifier ces compagnons de voyage invisibles et pourtant toujours présents, partout, autour, sur et dans nous mêmes.

Dans ce processus, ils ont découvert comment les usagers ensemencent les métros de la ville tous les jours avec des bactéries de la nourriture qu’ils mangent, les animaux ou les plantes qu’ils gardent, et leurs chaussures, déchets, des éternuements et des mains non lavées. L’équipe a détecté des signes de 15 152 types de formes de vie différentes. Près de la moitié de l’ADN appartenait à bactéries plupart d’entre eux sans danger; les scientifiques ont déclaré que les niveaux de bactéries détectées ne posent pas de problème majeurs de santé publique.

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Comme de plus en plus de scientifiques sondent la microbiologie urbaine, ils espèrent également trouver des moyens de favoriser les bactéries bénéfiques grâce à la conception des bâtiments et d’apprendre à éliminer les pratiques de construction qui créent les conditions de vie pour les germes qui rendent les gens malades.

Ce domaine émergent reflète la prise de conscience croissante des essaims du corps humain que sont les bactéries. Typiquement, chaque personne héberge une centaine de milliards de cellules microbiennes diversifiée en cinq millions de gènes différents, un microcosme foisonnant et varié totalisant environ 2,5kg de micro-organismes par personne. En effet, les microbes dans et sur le corps sont plus nombreuses que les cellules humaines environ 10 fois plus.

« Vous êtes un parti minoritaire dans la démocratie du corps, » a déclaré le Dr Mason. Comprenez donc, que même si votre cerveau commande et décide, vous resterez tributaire et dépendant de cette faune et cette flore invisible, avant votre naissance et bien longtemps encore après votre mort.

La collection de microbes du corps , appelée le microbiome, influence la santé de façon que les chercheurs commencent à peine à comprendre. Ils peuvent être la clé pour une bonne digestion, la synthèse de la vitamine et la fonction cérébrale, les nouvelles recherches l’ont suggéré et confirmé. Les échanges entre les millions de microbes vivant dans l’estomac humain peuvent également favoriser l’obésité, les ulcères de déclenchement ou affecter la façon dont fonctionne un vaccin contre la grippe.

D’une manière générale, la vie en ville laisse sa marque sur les gens. Cela inclut les sortes de microbes qu’ils recueillent malgré eux. Une comparaison récente des résidents urbains et ruraux en Russie constaté que les citadins sont différents dans les ensembles de microbes de l’estomac des personnes de la campagne. Toute personne possède une collection distinctive de microbes, en fabricant environ 1,5 million de cellules de la peau microscopiques chaque heure et ce, tout au long de son existence. Les bactéries provenant du corps d’une personne peuvent coloniser une chambre d’hôtel en moins de six heures, les scientifiques du ministère américain de l’ »Argonne National Laboratory » dans l’Illinois l’ont récemment découvert.

«Une ville est comme un organisme », a déclaré IBM Corp. Le biologiste Robert Prill qui étudie les moyens de mieux collecter et analyser ces immenses nouvelles bases de données génomiques public-santé. « Il a un système de circulation constitué de la circulation des personnes. »

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D’ÉGOÛTS EN DÉGOUT …

À New York, les scientifiques de Cornell et des étudiants bénévoles ont vaillamment esquivé les rats et travaillé autour des tests sur des restes bien plus répugnants que des rats, tels que des préservatifs usagés, des flaques de vomi et de la nourriture en décomposition sur des surfaces oubliées par le personnel de nettoyage dans chaque station de métro. plus d’une fois, la police a suspectés les chercheurs les ont arrêtés puis escortés à la rue.

Les résultats de métro pourraient déstabiliser certaines personnes, le Dr Mason le reconnait, mais il a dit qu’ils illustrent la diversité microbienne remarquable d’une ville en bonne santé. «Je ne veux pas que les gens soient terrifié», dit-il. «Je veux qu’ils soient intrigué. »

Les études de microbes à grande échelle, appelés métagénomique, sont rendues possibles par les progrès récents en low-cost, et principalement les  machines de séquençage de gènes à grande vitesse qui pour la première fois permettent aux chercheurs d’étudier des millions de micro-organismes dans la nature qui ne peuvent normalement pas être cultivé dans un laboratoire. La Fondation Sloan à New York a commencé dans ce domaine en finançant 50 projets de renforcement des génomes depuis 2005, mais pas l’enquête de PathoMap.

En Oregon, les chercheurs cartographient le flux et le reflux de bactéries qui peuplent les pièces d’un bâtiment occupé. En Virginie, les biologistes analysent les microbes qui vivent à l’intérieur de plomberie et de l’eau potable les tuyaux d’un bâtiment. À Chicago, les scientifiques documentent la vie microbienne d’un nouvel hôpital, pour voir comment les bactéries dans ses bureaux, les salles d’opération et de réanimation des patients ont évolué dans l’établissement de santé lorsqu’il est devenu opérationnel.

Les chercheurs apprennent que bizarrement, de matériaux de construction comme les systèmes de ventilation, l’humidité ou encore la décoration intérieure affectent les types de bactéries que rencontrent les gens à l’intérieur.

Selon le matériau en cause, certaines surfaces peuvent avoir des milliers de différents types de bactéries tandis que d’autres peuvent n’en avoir seulement que quelques centaines ont remarqué les chercheurs de surveillance du nouvel hôpital de Chicago. Les agents pathogènes responsables d’infections courantes, telles que les germes de streptocoques qui causent environ 700 millions d’infections du monde entier chaque année, peuvent survivre pendant des mois sur une surface sèche, des chercheurs en Allemagne ont rapporté en Septembre dans la revue BMC Infectious Diseases ce constat alarmant.

Surprise aussi ici, certains tissus d’ameublement peuvent faire une sacrée différence. Les germes de staphylocoques résistants aux médicaments peuvent vivre jusqu’à une semaine sur les matériaux utilisés pour les poches de siège d’avion, tandis que E. coli peuvent durer 96 heures sur le revêtement utilisé pour un accoudoir d’avions de ligne, ont déclaré lors d’une réunion de l’American Society of microbiologie de l’année dernière des chercheurs de l’Université d’Auburn.

La climatisation importe aussi. Les études de la qualité de l’air intérieur dans les centres commerciaux à Singapour et maisons dans les Emirats Arabes Unis ont révélé jusqu’à 300 espèces distinctes de bactéries, des champignons et des virus transportés par les systèmes de ventilation.

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« Non, les architectes et les ingénieurs créent des écosystèmes sans penser du tout si les conséquences bactériologiques seront nocives ou pas pour les humains, » a déclaré le biologiste Jessica Green, directeur de l’Université de la biologie de l’Oregon et de l’environnement Centre intégré. « Différentes conditions urbaines pourraient favoriser la croissance des différents écosystèmes microbiens. »

CONNAÎTRE SON ENNEMI, C’EST DÉJÀ LE COMBATTRE 

Des chercheurs de l’Université de Chicago et l’Argonne National Laboratory ont commencé l’installation d’un réseau de capteurs répartis dans le centre-ville de Chicago, qui, entre autres choses, goûte l’air régulièrement pour en détecter les microbes. Ils espèrent avoir 500 de ces capteurs en place l’année prochaine et jusqu’à 5000 lorsque le système de surveillance sera terminé.

« Nous sommes maintenant dans une position où nous pouvons aller dans une ville et caractériser sa faune microbienne », a déclaré Jack Gilbert, un microbiologiste de l’environnement qui est impliqué dans le projet. « Nous pouvons voir les génomes de milliers d’espèces différentes, des millions d’espèces différentes. »

Les chercheurs ont récemment commencé l’échantillonnage de l’ADN dans d’autres métros dans le monde entier, y compris Shanghai, Tokyo, Paris et São Paulo. A New York, la Metropolitan Transportation Authority, qui gère le système de métro, a refusé de commenter l’étude Weill Cornell ou de discuter de ses procédures d’assainissement de métro.

Le projet de métro a été un terrain d’essai pour les nouvelles technologies de la génomique pour la santé publique. « Si vous pouvez séquencer une ville, vous pouvez séquencer tout et tous », a déclaré James Kaufman, qui dirige le projet de recherche en santé publique au Centre de recherche Almaden d’IBM en Californie.

L’étude de métro de New York a toutefois rapidement atteint les limites actuelles de la science. La plupart des microbes ne sont jamais été isolés ou étudié. Seuls quelques milliers de créatures, de quelque nature ont déjà eu tout leur ensemble de gènes analysés, à des fins d ‘identifications de séquences d’ADN à travers des comparaisons informatiques en ligne qui parfois peuvent être inexacts.

Tout compte fait, la biodiversité de la station de métro ne est pas aussi riche que la terre normale. La saleté dans Central Park contient 167 000 types de micro-organismes environ 11 fois le nombre d’espèces dans les transports en commun.

Mais une bouffée d’air de métro contient environ autant de bactéries flottant librement que l’air frais au niveau de la rue, des chercheurs de l’Université du Colorado Boulder ont signalés ce fait dans la revue Applied and Environmental Microbiology.

Pas deux stations de métro étaient exactement les mêmes, a déclaré le chef de projet Weill Cornell Ebrahim Afshinnekoo, qui a aidé à analyser les données. La plus grande biodiversité de métro a été trouvé à l’arrêt Myrtle-Willoughby Avenue G pour le train à Bedford-Stuyvesant, à Brooklyn, où 95 groupes de bactéries uniques ont été détectés.

Les bactéries les plus insolites habitent la station de ferry du Sud, qui a été fermé depuis qu’elle a été inondée lors de l’ouragan Sandy en 2012. « Nous avons vu des bactéries qui étaient auparavant n’avaient été seulement vues que dans l’Antarctique, » a déclaré le Dr Mason.

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QUELS ADN ?

Parmi les ADN des organismes supérieurs, les chercheurs ont découvert que l’ensemble du système matériel génétique provenant de coléoptères et les mouches étaient les plus répandues, le génome de la blatte n’a pas encore été séquencée de sorte que l’ADN n’a pas été identifié. L’ADN du concombre est classé troisième dans l’ordre des plus répandus, peut-être à partir des restes de repas, ou à partir d’une confusion de l’ordinateur regroupant les séquences d’ADN partielle d’autres espèces connues plus proches.

L’ADN humain est classé quatrième. Des restes génétiques de souris, de poissons et de poux sont monnaie courante. (L’ADN de poisson est probablement issu des 14 millions de gallons d’eau que les équipes de balayeurs de la ville pompent dans les infiltrations naturelles du métro tous les jours.) Dans certaines stations, environ 15% de cet ordre supérieur d’ADN appartient à des rats.

Jusqu’à présent, les scientifiques ont identifié 562 espèces de bactéries, la plupart d’entre eux bénigne ou risque faible. Au moins 67 de ces espèces peuvent rendre les gens malades. Même ces bactéries infectieuses ont toutes été détectées à des niveaux si faibles qu’elles n’étaient pas susceptibles de causer des maladies chez une personne saine.

Parmi les bactéries pathogènes et les maladies infectieuses, les chercheurs de Cornell ont identifié l’ADN lié à des infections à streptocoques dans 66 stations et d’autres issues des infections des voies urinaires dans 192 stations. Ils ont trouvé des bactéries « E. col i » dans 56 stations et d’autres bactéries liées à une intoxication alimentaire dans 215 stations.

Une bactérie multirésistante appelé Stenotrophomonas maltophilia, associée à des troubles respiratoires et des infections nosocomiales, est présente dans 409 stations. Un autre microbe infectieux résistants aux antibiotiques, Acinetobacter baumannii, est également actif dans 220 stations.

Dans trois stations en analysant des poubelle, une machine MetroCard automatique et un escalier rambarde, ils ont également retrouvé les vestiges de bactéries qui causent la peste bubonique. Bien que courante chez les rongeurs dans l’Ouest américain, les infections de peste sont extrêmement rares le long de la côte Est. Depuis 12 ans, aucun cas humain a été diagnostiqué à New York, selon le US Centers for Disease Control and Prevention.

« Nous pensons que les rats sont le support susceptible [de la bactérie de la peste], puisque nous voyons beaucoup et de l’ADN du rat et de la souris, » a déclaré le Dr Mason.

Ils ont également trouvé une trace de l’ADN de l’anthrax sur une balustrade à une station et sur une poignée dans une voiture de métro. « Les résultats ne suggèrent pas que la peste ou la maladie du charbon soit répandue, ils suggèrent « simplement »que les résidents de New York sont à risque», ont déclaré les chercheurs.

Christopher Mason traquant l'ADN du métro de New-York.

Christopher Mason traquant l’ADN du métro de New-York.

Le ministère de la Santé et de l’Hygiène mentale a bien sûr «fortement» contesté que les bactéries ont été correctement identifiés. Un porte-parole du ministère a dit dans une déclaration écrite. »L’interprétation des résultats est imparfaite, et les chercheurs ne cherchent pas à offrir des alternatives, beaucoup d’à leurs explications les plus plausibles de leurs constatations  … Le système de métro de New York ne est pas une source de peste ou maladie du charbon, et les bactéries qui causent ces maladies n’existent pas naturellement dans cette partie de l’Amérique du Nord. »

L’ADN de métro permet  également d’avoir une mesure des appétits urbains.

Les scientifiques ont détecté de l’ADN à partir de bactéries associées à la production de fromage mozzarella à 151 stations. L’ADN de pois chiches, un ingrédient clé dans le houmous et les falafels, a été détecté sur plusieurs plates-formes de métro ainsi que sur des bancs.

Les chercheurs ont également trouvé des bactéries qui se nourrissent volontiers d’arsenic et du déversements de pétrole, digérant les sulfates que l’on trouve couramment dans les métros. Certaines espèces dans le système souterrain sont exceptionnellement résistante aux extrêmes de l’acidité, l’aridité, de la température et de rayonnement.

« Ils sont comme les New-Yorkais, » a déclaré le Dr Mason. « Ils peuvent survivre n’importe où. »

[source]

Et puisque vous en êtes ici de la lecture, je vous propose également un visuel éloquent, avec la carte interactive du métro New-Yorkais, avec pour chaque station le type et le nom des bactéries présents dedans. Vous y trouverez également d’autres informations sur l’origine et les conséquences biologiques de ces bactéries.

LA CARTE INTERACTIVE :

Cliquez sur la carte pour accéder à la carte interactive des bactéries de New-York

Cliquez sur la carte pour accéder à la carte interactive des bactéries de New-York

Alors maintenant que vous savez, n’oubliez pas de bien vous laver les mains après les transports en commun (et avant aussi tant qu’à faire) 😉

Un commentaire sur “Des bactéries dans le métro New-Yorkais

  1. Pingback: Des légions de bactéries dans le métro New-Yorkais | Couloirs du net

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